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Mittels hochauflösender Mikroskope werden bei diesem Verfahren Spermien zur Injektion in die Eizelle ausgesucht, die möglichst wenige oder keine äußerlichen Auffälligkeiten aufweisen.
Dies gelingt bei der normalen 200fachen- Vergrößerung in der Regel nicht, da anormale Mikrostrukturen der Spermien hier noch nicht erkennbar sind. Bei IMSI erfolgt ein Screening der Spermien bei 400-6000facher Vergrößerung ohne Färbung in Echtzeit.
Der Einfluss der Mikromorphologie der Spermien auf das Resultat einer Kinderwunschbehandlung ist allerdings umstritten. Eine Empfehlung zur IMSI kann daher nicht generell erfolgen.